Управление предназначено для комплексного обеспечения, в пределах своей компетенции, научной, научно-технической и инновационной деятельности, направленной на реализацию полномочий ФМБА России в сфере здравоохранения и осуществления федерального государственного санитарно-эпидемиологического надзора в организациях отраслей промышленности с особо опасными условиями труда и на отдельных территориях Российской Федерации, а также функции по медико-санитарному обеспечению работников обслуживаемых организаций и населения обслуживаемых территорий.